https://hiroakis.com/blog/2013/08/22/mysql-%E3%81%AA%E3%81%9Cibdata1%E3%81%8C%E8%82%A5%E5%A4%A7%E5%8C%96%E3%81%99%E3%82%8B%E7%90%86%E7%94%B1%E8%A8%98%E4%BA%8B%E3%81%AE%E6%84%8F%E8%A8%B3/
特定のテーブルが肥大化することはあるので、innodb_file_per_table を
有効にしておく、ってのは有効なんだけど、それでも肥大化しちゃうのか。
MySQLにおいて、ibdata1が急速に肥大化するのは、長時間実行されている
トランザクションが原因である。
この問題をできるだけ早く解決するには、コミットするかトランザクションのkillを試す。